配额分配的方式通常有3种，即免费或
拍卖，或者是两者结合。除了RGGI，所有的碳排放交易体系初始阶段的配额分配都是免费的。这样做的好处主要是：免费分配可以减少管制对象的阻力，可以减轻排放转移的影响，能够在初期促进流动性。因此，从增强碳排放交易体系的可行性以及减轻
履约成本来看，中国在初期只能选择免费分配。
免费分配的方法需要确定基准方法和基准年。免费分配的基础方法通常为历史排放法。
灵活履约机制是指在不影响排放交易体系环境完整性的前提下，为了降低管制对象的履约成本，增强碳交易体系对非碳交易体系覆盖行业的影响，减轻排放转移现象的发生而设计的灵活履约机制。柔性机制在稳定碳价格、降低履约成本、限制排放转移方面有重要作用。
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目前常见的灵活履约机制有以下几种：履约期长度、配额储备、配额借贷、RGGI的“安全阀”机制、加州CAT的配额储备库以及碳抵消机制。
履约期是指管制对象必须提交等同于其年度实际温室气体排放量的配额或核证减排量以抵消自己实际产生的碳排放量的时间期间。据易碳家了解到，国际碳交易体系的履约期长度多数为一年，即每年管制对象都必须提交配额或核证减排量以抵消自己实际产生的碳排放量，如EU ETS。而近几年建设或设计中的碳交易体系基本倾向于延长履约期。如果履约期较长，则企业采取合理减排措施降低温室气体排放、实现减排目标在时间上更为充裕，也更有利于企业从长远角度考虑其投资战略来降低温室气体排放。简言之，有利于激励企业加大在低碳技术和清洁技术方面的投资和应用。
配额储备，是指允许本履约期/交易期的配额可以跨期使用。基本上所有的排放交易体系均认可配额储备机制。配额储备机制另外的一个重要作用是可以激励企业最大限度地减排温室气体，因为超额减排而结余下来的配额可以长期储备，具有经济价值。
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