控制碳排放是一项全新的工作，需要一定的组织体系、制度基础开展相关工作。通过立法确定总量控制的法律地位，在国家层面建立碳排放管理体系，十分必要。从国外经验来看，通过立法形式明确管理机构与管理主体，引入第三方机构管理。澳大利亚新南威尔士和美国加州都用立法的形式明确规定了监管主体，并且都是以一个机构为主导，协调管理全部范围内的碳排放权交易。这种方法在排放控制的初期推广具有很大的促进作用，有利于减少行政部门间的冲突，提高了行政效率。欧盟排放交易体系建立了独立的欧盟中央管理处（The EU Central Administrator）对欧盟成员各国的国家配额计划进行审批，并运用欧盟独立交易系统（Community Independent Transaction Log）对二氧化碳交易进行监测和管理，对系统运作成效进行评估。
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管理模式选择。在管理模式上，欧盟碳排放交易机制采取了集中和分权相统一的管理模式。EU-ETS覆盖27个主权国家，经济水平、政治体制和产业结构等方面差异较大，很难完全统一，于是欧盟碳排放权交易机制并没有直接指定成员国的排放权监管机构, 而是仅对监管机构的权利义务职责做了原则性的规定, 成员国可以享有一定灵活性的自主权，根据本国国情设计监管机制。完善的协调机制是集中与分权相结合的管理模式运行顺畅的保障。欧盟委员会通过发布多项关于排放交易的指令，为欧盟碳排放权交易机制奠定了法律基础，确定了各成员国实施排放交易时应当遵循的共同标准。美国实行分散式管理。美国因为没有统一的全国碳交易市场，也就没有设置相关的联邦管理机构，由各个区域碳排放组织或者地方政府自行设置机构管理碳排放交易。
我国碳排放交易试点省市均明确当地发展和改革委是碳交易的主管部门。由于碳交易的专业性较强，政府缺乏相应的专业知识，为防止政府失灵，引入第三方监管机构十分必要，对配额分配、企业排放量进行监测，保证政策的公平、公正。从法理上说，自己监督自己往往是不利的，因而必须设置外部监督。在我国的法律体系中，由第三方机构对法律行为进行监督的立法体例比较常见，因而建议我国引入第三方监督机构对碳排放总量控制相关工作进行监督。
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