开征环境税，引来的一个直接问题是，会不会增加企业负担？虽然有行业代表对此颇有担忧，但
专家分析认为，环境税的出台不会加重企业整体税负。
今年“两会”期间，财政部副部长朱光耀提到，环境税会对石油、造纸、印刷等行业造成冲击。去年5月，国家有关部门将《环境保护税法（送审稿）》送达钢铁、电力、有色、煤炭等“两高”行业的相关协会时，有行业协会对新环保税的设计提出了不同意见，认为上述额外税负每年将给行业造成上千亿元成本，并导致行业“入不敷出”。
不过，在排污费改税实践多年的湖北，来自湖北省地税局的一项调研结果显示，自2007年的排污费改税对纳税人带来的负面影响几乎为零。更有企业表示，对纳税人而言，只要征收标准不提高，更倾向于纳税，可避免“关系费”、“人情费”造成的不公平。
财政部财政科学研究所副所长苏明认为，环境税的研究制定之所以需要漫长时间，核心问题就是环境税的负担，尤其是对企业的负担。该问题一方面关系到经济发展，另一方面也要对环境保护起到促进作用，也就是要在两者之间取得均衡。目前审议的重点在于环境税负担定多少、征税范围定多大比较合适。
中国财税法研究会常务理事计金标对记者表示，在工业方面，如火力发电、钢铁、造纸、印染、石油化工等企业可能会承担较多的环境税。但是，环境税的主要目标就是通过对环境不友好的行为即对排污等行为进行征税，通过加重排污的成本，促使排污得通过技术改造、设备投资等减少排放，从而改善环境。征收环境税后企业就要进行经济决策：是交税还是通过引进设备进行减排？
与此同时，目前我国财政部门也对企业采用节能环保设施投入等都提供了大量财政支持。计金标预计，环境税的出台一定会配套一些以前相关收费如排污费的取消及财政补贴等的措施，即环境税的出台不会加重企业整体税负，体现“收入中性”原则。
一个鲜为人知的事实是，我国与环境相关的税收总额占国内生产总值（GDP）比重和占税收总额的比重，要远高于经合组织（OECD）国家的水平。
国务院发展研究中心资源与环境研究所原专家组组长倪红日在作为主笔人的《中国环境税改革与完善建议》报告中指出，通过比较研究发现，我国与环境相关的税收总额占GDP的比重和占税收总额的比重均远远高于OECD国家水平；而且增长速度很快，2009年的环境税税收总额比2007增长近一倍。
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