制度建设是保障政策性碳基金发挥政策效果的基础，及时制订碳基金管理办法，并明确碳基金的管理部门非常重要。碳基金与私募股权投资基金和各类证券投资基金有很大的不同，碳基金不向一般公众募集资金，只定向募集资金。募集对象包括
碳排放控排企业、地方政府和金融机构等。碳基金一般也不会向基金参与方分配利润，而是分配所采购的
碳信用。这种特殊的运营方式与一般意义上的基金有很大不同，有必要制定专门的针对碳基金的管理办法，规范和保障碳基金的健康运行。
政策性碳基金与普通碳基金的区别更在于对我国可持续发展更加重视，以及引领社会资本投入可持续发展领域的开发性金融作用。因此，政策性碳基金具有一定的公益性。政策性碳基金在有些情况下要扮演先行者和开拓者的角色，在商业上要承担政策不确定性的风险，因此政策性碳基金是风险承担者。这需要在财政税收方面要把政策性碳基金与普通碳基金区分开来；把碳基金与其他基金区分开来；在风险补偿方面，政策要有一定的兜底作用，为政策性碳基金提供一定的保障。
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