此次改革也计划将海运部门的排放分阶段纳入EU ETS,需要交出的配额将从2024年核实排放量的40%增加到2026年的100%。EU ETS将涵盖欧盟内部航行和欧盟港口内的所有排放量,以及往返非欧盟国家/地区航行50%的排放量。到2026年底,欧盟委员会还将评估是否从2028年起将城市垃圾焚烧产生的排放引入EU ETS。