目前试点基本遵循的是按照“祖父制原则”分配碳排放额度，存在两个主要问题：一是“鞭打快牛”，如果企业前两年积极开展了节能减排工作并取得相应的成效，会减少相应的历史排放水平，从而能获得的碳排放额度反而更少，某种程度上是在奖励落后、惩罚先进。二是企业过去几年的经营活动和排放水平受到多种因素的影响，具有较大的不确定性，按照祖父原则的分配难以考虑这些因素。 本`文@内/容/来/自:中-国^碳-排-放^*交*易^网-tan pai fang. com
最后，MRV“可测量、可报告、可核查”报告制度和第三方核查制度欠缺。要确定企业到底排放了多少二氧化碳，排放配额的交易也需要经过第三方核查机构的认证。 本/文-内/容/来/自:中-国-碳-排-放-网-tan pai fang . com
据易碳家了解到，在碳核查方面，较为通用的是国际标准化组织于2006年发布的ISO 14064，以及由世界资源研究所(WRI)、世界可持续发展研究会联合发布的温室气体核算体系。产品层面的碳盘查，则主要采用由英国标准协会(BSI)等发布的PAS 2050。在第三方认证机构方面，SGS集团、挪威船级社、T·V南德、T·V莱茵、法国必维等国际认证业巨头，均在近年启动了碳核查认证业务。
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但我国现状是缺少具有碳排放核查资质的第三方核查机构。而且，由于各试点城市的碳排放核算方法不一致，计算口径不统一，标准不一致(如上海石化从上海发改委拿到的排放清单与从其总部中石化拿到的就不一样)，使得将来全国碳市场的统一难度较大。
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