我国目前对气体排放权的初始分配制度存在一定的缺陷，一方面，我国还主要采取自愿减排措施，许多企业担心现在减排越多，日后实施总量管制时，自己所分配到的排放额可能会相应减少。在此顾虑下，企业难有实行节能减排的动力。同时，也存在新建企业和已建企业之间在排污权初始分配的不公平；另一方面，排污权名义上是公共资源，实质上为政府所管辖，成为管理部门的权力资源。因此，由于政府失灵的存在，受到利益驱动而存在一定的寻租行为，导致排放权交易受到管理部门操纵的影响。
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也有报告指出，配额总量是否合理直接关系到碳交易制度能否有效发挥其基本功能，需考虑的因素主要包括地方单位GDP 碳强度下降指标、能源消费总量控制目标、相关行业发展规划、技术水平和减排潜力等因素，既要合理限制各行业碳排放量，也要为相关行业预留一定发展空间，最大的挑战是对未来经济和行业发展不确定性的处理方式。配额分配方式主要有免费和有偿两种，各试点基本思路是初期以免费为主、拍卖为辅甚至全额免费方式，逐渐向有偿分配过渡。从操作上看，拍卖的方式相对简单，免费分配有基于历史排放的祖父法和基于行业效率的基准线法。祖父法需要掌握企业的历史排放，操作相对简单，但存在“鞭打快牛”不利于激励企业积极减排的缺陷，在设计时需适当弥补企业的先期减排行动；基准线法虽然有利于激励企业技术创新，但对行业基准线的研究基础薄弱，目前不具备大范围开展的条件。（完）
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