单个企业配额分配方法未知
尽管目前控排企业对于分配制度大体满意，但是出于开发更高效率和更公平的分配方法的目的，一些企业还是提出了疑虑。
各交易试点对单个控排企业的分配方法并未公布，也未公布分配明细。
此外，《报告》中指出一些企业强烈反对历史法，特别是有高效技术的企业，因为他们认为历史法某种程度上是在补贴低效设施。
“因此，初始免费配额额度不应只基于历史排放数据。”吴倩认为。
对于在多个试点区域拥有设施的公司而言，管理配额并遵守相关规范是比较困难的。电力部门相对比较容易处理，因为所有试点在纳入电力企业时考虑了设施的排放效率。即便如此，电力公司还是花费大量时间理解不同试点中分配方法的细微差异。
就制造业领域而言，分配规则差异更大，增加了企业的管理成本。例如，某个碳排放较多的化工设施不需要参加广东省的碳排放权交易，而同一公司的较小设施却需要参加天津碳排放权交易。因为广东并不将化工业作为覆盖行业，而天津却相反。
根据目前所出现的一些问题，《
中国碳排放交易机制：配额分配初始评估》建议，开发并公开详细的分配计划。政府应该公开与配额计算过程和分配到具体设施过程相关的有效信息。这将会增加分配过程的透明性，提升系统公信力。行业将能理解规则并从中获益，也会贡献行业信息。
此外，逐渐减少免费分配的比例，并谨慎考虑行业竞争性。只有市场获得未来政策将从紧这一信号，投资才会流向提高能源效率或其他减排措施。
《报告》还指出，需要鼓励并谨慎安排
拍卖。对于
拍卖的低价、拍卖的总量等关键问题需要认真研究。应该最大程度减少政府对拍卖的干预。通过公共竞拍
平台，用市场机制发现碳
价格是成本效率较高的拍卖方法。不过其仍有许多问题尚待解决，例如，拍卖的法律地位、谁是拍卖方、如何使用收入等。
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