与税收手段相比，排污收费的强制性不够，影响政策本身效果的发挥，主要体现在两个方面。
首先是执法权限不够。《条例》规定了对于逾期拒不缴纳的，处以应缴纳排污费数额 1倍以上、3倍以下的罚款，并报经有批准权的人民政府批准，责令停产停业整顿。而税务部门可通过责成提供纳税担保、冻结纳税人的存款账户和扣押、查封纳税人的商品、货物等采取税收保全措施和强制性措施。
其次是收费制度本身地位不高，加上部分地方政府对环境保护的认识不高，对排污收费制度的重视程度不够，保护污染企业的现象依然存在，干预排污费的征收，个别地方甚至出台“零收费”政策，某些企业守法意识不强，不按规定按时足额缴纳排污费。 例如，有些地方出台了“零收费、零罚款、宁静日”等土政策，导致排污费不能足额核定和足额征收。
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