据北京环境交易所的相关资料显示，考虑到中国民航市场的急速增长，2012-2020年期间，中国航空公司为欧洲航线付出的碳税成本，预计将高达176亿元。如果飞往欧洲的航班每天增加一班，一年还将新增1500万元的碳税成本。
对于航空公司而言，运营成本显然有所增加，特别是欧洲线较多的大型航空公司。拿国航来说，该公司是目前中国国内飞赴欧洲航班数量最多的航空公司。欧洲航空碳税一旦执行，国航在其执行的第一年内或将增加2亿元的成本。中国民航总局则初步测算，若国内航空公司所有飞往欧盟的航班均被要求缴纳碳税，单在2012年便需要为此支付8亿元，这一数字还与中欧间航班量的增加正相关。
EUETS对消费者的影响则是意味着将要在机票花销上付出更多。根据相关机构综合测算，北京飞往欧洲的国际机票每张可能增加200-300元成本，这些增加的成本都需要转嫁到某方面上去，对此，中国航空运输协会秘书长魏振中认为：“一旦开始收费，很难保证航空公司不把这部分上涨成本转嫁给消费者。” 本+文+内/容/来/自:中-国-碳-排-放（交—易^网-tan pai fang . com
航空碳税的影响还可能触及到商业贸易领域。由于碳税课征或将导致运输成本提升，中欧商贸领域的企业可能为此需要承担更多的开销。专家表示，欧盟这一举动表面上是针对航空业，但起到的实质效果却无异于在跨境服务贸易领域设置了“碳关税壁垒”，这种成本增加就会沿着产业链转移到货物贸易领域，那时候的影响就绝不仅是机票价格问题了，而是外贸企业利润的进一步收窄和生存问题。
此外，EUETS对不同地区的航空公司影响也有差异。根据IATA的有关数据显示，欧盟航空碳税对正在成长中的航空公司影响是最大的，这些航空公司多在例如中国等近年来经济发展水平提升较快的地区，而其对像欧盟地区的航空公司而言，很多发展水准相对放缓，所受影响也会偏小。
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比如，对一个有着30架日益老化的飞机和固定航线网络的航空公司来说，2004-2006年期间的碳排放总成本应为1.25亿欧元。假定航油的平均成本在800欧元/吨，其排放的成本将约占航空公司整体航油支出的7.5%。而对一个快速成长的航空公司来说，如果在2005年有15架新飞机，到2012年机队增长到30架，到2020年增加到60架以上的飞机，其整体碳排放成本将可高达2.3亿欧元。这意味着，机队结构越新，市场增长越快，航空公司受到的负面影响就越大。
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