在碳交易市场的具体运行中，政府确定碳排放总额，并根据一定规则将碳排放配额分配到企业，企业之间围绕碳排放权进行交易。如果企业的排放高于其配额，就必须在碳市场上进行购买以弥补配额缺口，交易额就是该企业要付出的代价。如果企业的排放低于其配额，则可以将富余的碳排放权在碳市场上进行销售，交易额就是该企业所获得的收益。
例如，有A和B两个企业，它们分别拥有40吨的碳排放配额。假设A企业的实际排放是15吨，A企业就剩余了25吨的碳排放权，假设B企业实际排放了65吨，B企业就存在25吨的碳排放权缺口。此时，利用碳交易市场，A企业就可以将富余的25吨碳排放权以一定的
价格销售给B企业。从两者的交易可以看出，过度排放必须付出高昂的代价，而做好碳减排可以换来“金山银山”。
可以说，全国碳交易市场是我国利用市场机制控制和减少温室气体排放、推动
绿色低碳发展的一项重大制度创新，是确保我国如期实现碳达峰、
碳中和目标的重要政策工具。
全国碳市场的正式上线，标志着我国运用市场机制“无形之手”，将技术和资金导向低碳发展领域，加快推动产业结构转型升级，迈出重要一步；意味着二氧化碳免费排放时代彻底终结，中国
节能减排事业真正进入“排放有成本，减排有收益”的发展新阶段。
中国碳市场建设经历了从地区
试点走向全国统一两个阶段。
2011年10月以来，
北京、天津、上海、重庆、湖北、广东、深圳两省五市开展了碳交易试点。试点市场覆盖了电力、钢铁、水泥等20多个行业近3000家重点排放单位。碳交易试点建设取得了碳排放总量和强度双降趋势的效果，为全国碳市场的建设积累了宝贵经验。
2017年12月18日，《全国碳排放权交易市场建设方案(发电行业)》明确了以发电行业为突破口，分阶段、有步骤的逐步推进碳市场建设。根据《全国碳排放权交易市场建设方案(发电行业)》，全国碳市场建设包括三个阶段：2018年为基础建设期，2019年为模拟运行期，2019年后为深化完善期。
2021年7月16日，发电行业全国碳交易市场正式上线交易。“十四五”时期，碳交易市场的覆盖范围将进一步扩大至八大重点排放行业。到2030年，全国碳交易市场将进入成熟运行阶段，初始配额的有偿分配比例进一步提高，
碳金融产品种类进一步丰富，国际合作的深度与广度进一步加大。
在交易主体上，全国碳市场运行初期，碳交易的主体主要集中在控排企业，机构投资者与个人尚不能参与。未来条件成熟后，机构投资者与个人可以成为碳市场的交易主体。
在交易模式上，碳交易通过碳排放权
交易系统进行，具体形式可以采用协议转让、单向竞价或其他符合规定的方式。其中，协议转让包括挂牌协议和大宗协议两种方式。挂牌协议主要针对单笔小于10万吨的交易，涨跌幅限制为10%，大宗协议则主要针对单笔超过10万吨的交易，涨跌幅限制为30%。单向竞价交易方式则是由交易主体向交易机构提出卖出申请，由交易机构发布竞价公告，符合条件的意向受让方按照规定报价，在约定时间内通过
交易系统成交。
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