核查机构应与核查委托方签订核查协议。
核查协议签订之前，核查机构应根据其行业核查能力、核查员经验、时间与人力资源安排、企业（或者其他经济组织）所属行业、规模及排放设施的复杂程度等，评估核查工作实施的可行性及与核查委托方或企业（或者其他经济组织）可能存在的利益冲突等。
核查机构在完成上述过程后确认是否与核查委托方签订核查协议。核查协议内容可包括核查范围、应用标准和方法、核查流程、预计完成时间、双方责任和义务、保密条款、核查费用、协议的解除、赔偿、仲裁等相关内容。
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