核查机构应与委托方签订审核协议。
审核协议签订之前，核查机构应根据其行业核查能力、核查员经验、时间与人力资源安排、企业（或者其他经济组织）所属行业、规模及排放设施的复杂程度等，评估工作实施的可行性及与委托方或企业（或者其他经济组织）可能存在的利益冲突等。
核查机构在完成上述流程后确定是否与委托方签订审核协议。审核协议内容可包括审核范围、应用标准和方法、审核流程、预计完成时间、双方责任和义务、保密条款、审核费用、协议的解除、赔偿、仲裁等相关内容。
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