福建省第二批核查机构包含以下机构：
1. 深圳华测国际认证有限公司
2. 中国建材检验认证股份有限公司
3. 南京擎天科技有限公司
4. 上海市建筑科学研究院
5. 杭州万泰认证有限公司
7. 杭州润泽环保科技有限公司
8. 昫清环保科技（上海）有限公司
9. 杭州超腾能源技术股份有限公司
10. 漳州市工程咨询中心
11. 福建省金皇环保科技有限公司
12. 福建碧水金山环境技术发展有限公司
13. 方圆标志认证集团福建有限公司
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