但是美国普林斯顿大学环境经济学家Tim Searchinger在2008年发表于《科学》杂志上的一篇颇具影响力的文章中指出，生物燃料排放量的原始数据大错特错。近些年来，生物燃料产业的迅速扩张导致了对农业用地需求的增加。Searchinger及其同事发现，当农业用地被用于种植生物燃料作物时，新的土地可能会被翻掘，以耕种被挤掉的现有作物。
最终，人们可能会侵占森林、泥炭地和湿地等封存了大量碳的区域，从而导致大量的二氧化碳被排放出来。“如果你思考一下，会发现这显而易见。”Searchinger说。
要计算这种“间接土地利用变化”（ILUC）的影响十分复杂，因为它主要基于经济模型预测10或20年后的未来。对于不同作物而言，数字也不同。但是总的来说，当重视土地利用效果时，大部分生物柴油实际产出了比生物乙醇更多的排放——通常比化石燃料的排放量更大。
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日前环境组织“地球之友”也发布报告称，欧盟不断增长的生物燃料需求给印度尼西亚造成了经济、社会和生态方面的损害。该组织对印度尼西亚婆罗洲Ketapang地区的研究表明，对棕榈油的外部需求导致该地区油棕种植大量扩张，引起森林退化、非法砍伐和社会冲突。
美国华盛顿国际粮食政策研究所（IFPRI）研究员David Laborde也指出，其排放量比欧洲可再生能源政策期望到2020年减少的碳排放量的2/3还要多。IFPRI负责为欧盟委员会制作影响力报告。
在美国，2010年在设置可再生燃料标准时，环境保护署把土地使用效应也考虑在内。对于美国农民而言，幸运的是，提取自玉米的乙醇——美国车辆主要的生物燃料——在环境保护署的条例框架下被绿灯放行。
但是，欧盟委员会在来自生物燃料企业和欧洲能源与农业部门的强大压力下，选择了回避问题。
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2012年10月，欧盟委员会最终提议，到2020年，基于粮食作物的燃料在运输燃料方面的配额被控制在5%——只是之前可再生能源目标的一半，这能有效地允许现有设施继续生产收回投资，但将阻止其生产规模进一步扩大。
欧洲议会目前开始为欧洲委员会的提议争论不休。6月20日，其能源委员会投票要求基于粮食作物的燃料的相关份额略微提升到6.5%。另外，它还删除了有关燃料供应商报告碳排放数据时，须使用土地利用变化数据的条款。该委员会还提议逐步增加使用非粮食作物生产的先进生物燃料的授权。
“ILUC的科学对于政策而言不够强健。”英国可再生能源协会可再生交通政策领导Clare Wenner说。但是位于比利时首都布鲁塞尔的欧洲联合研究中心表示，用于计算土地使用数据的模型与公认的生物燃料直接排放的科学相比，缺少可信性。
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环境委员会将于7月10日对其优先政策进行投票：该委员会本议题的首席谈判官Corinne LePage同意欧洲联合研究中心的观点，同时也致力于推动使用土地利用变化数据，来区分更好和更差的基于粮食作物的生物燃料。但她或许会无功而返。
这场争论并没有结束：主要议会将于9月对该问题进行投票，并主要基于环境和能源委员会的建议。那时，欧洲各国的能源部部长将必须在立法上达成妥协。一些国家——例如英国、荷兰和丹麦——希望土地使用因素能被包含其中，但是中欧和东欧的许多国家并不这样期待。
尽管本月的投票将安排争论的主干线，但是可以想象，2014年之前不会达成什么共识。2014年5月的欧洲议会选举将使得磋商从头再来。“问题非常复杂。
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